O equivalente do Explorer é o Nautilus no Ubuntu padrão. Ele gerencia a navegação de arquivos e a área de trabalho. A unidade é renderizada pelo Compiz, que é separado embora.
Seu caminho mais simples para desabilitar tudo isso é usar uma sessão diferente e o Gerenciador de Janelas. Algo como OpenBox ou até mesmo NoDM (se você está apenas executando um aplicativo). Isso vai significar que você precisa entender o funcionamento dos gerenciadores de janela ... Mas isso é uma visão muito mais fácil do que roubar a funcionalidade do Nautilus.