Eu respondi isso aqui: link
Não é o caminho ideal, mas aqui está:
Consegui remover as versões alternativas indo para /home/username/.everpad
Abrindo everpad.5.db em um navegador de banco de dados SQL lite (no ubuntu do centro de software) e excluindo manualmente os registros de notas extras na tabela de notas.
Se você tiver muitas notas alternativas, sugiro executar uma consulta sql descobrindo qual nota é a que deseja manter e, em seguida, excluindo todas as notas desse nome que não têm o ID do nome que você deseja manter. Certifique-se de fazer o backup do arquivo de banco de dados primeiro, caso você cometa um erro.
Exemplo:
DELETE FROM notes WHERE title="title of note" and id !=5;
Da aparência do design do banco de dados, você também pode excluir todas as versões alternativas de todas as notas com algo assim:
DELETE FROM notes WHERE conflict_parent_id>0;
Espero que ajude.