As expressões sed
parecem malformadas ... eis a primeira:
sed -n "$awk1,"$awk2"p" run.adf > first
Eu gostaria de sugerir que você está realmente procurando:
sed -n "s/$awk1/$awk2/p" run.adf > first
E altere o segundo da mesma forma.
sed -n "s/$awk3/$awk4/p" first > atoms