Para o apache2, mysql, php você pode instalar a pilha da lâmpada fazendo
sudo apt-get install tasksel
tasksel
e escolha instalar o servidor LAMP. Isto irá criar um servidor web funcional com o mysql e o php pré-configurados. Você precisa criar seu próprio banco de dados e tabelas para serem usados no servidor web no mysql, assim a instalação do MySQL Workbench pode ser útil também .
O Javascript não precisa de pacotes, pois faz parte do seu navegador.
jQuery é um conjunto de ferramentas javascript. Você faz o download dele e coloca os scripts em um diretório dentro do seu servidor web. Algo como /var/www/{project/}js/ . Você então inclui os arquivos jQuery no seu html.
Também pode ser útil instalar um editor de código. Estou usando Aptana , mas aqui está uma longa lista: Quais editores de texto para desenvolvedores estão disponíveis para o Ubuntu?