Você pode usar uma forma de bifurcação no estilo de subprocesso (essencialmente executando um comando e analisando a saída) ou pode usar o pacote wmctrl corretamente:
In [1]: from wmctrl import Window
In [2]: Window.get_active()
Out[2]: Window(id='0x07000062', desktop=0, pid=1878, x=657, y=299, w=1042, h=769, wm_class='terminator.Terminator', host='bert', wm_name='oli@bert: ~', wm_window_role='')
Não há muito em termos de documentação, por isso, sugiro que você execute help(Window)
se quiser saber mais ... ou apenas olhe a fonte da classe.