O emulador de GBA mais conhecido é o VisualBoyAdvance (como o link que fossfreedom posted diz). O problema é que ele não possui alguns recursos importantes. A boa notícia é que existe uma bifurcação: Visual Boy Advance-M .
Suporta o carregamento do Gameshark, o replay da ação salva e muito mais. (Eu gosto especialmente da opção de usar filtros inteligentes ao escalar o jogo).
Nenhum filtro
filtro hq2x
Você pode instalá-lo em PlayDeb.net . A má notícia é que o PlayDeb não atualizou seus pacotes para o Precise Pangolin (12.04). Mas acho que instalar o pacote oneiric deve funcionar perfeitamente.
Depois de instalar o pacote do PlayDeb, você só precisará instalar o seguinte pacote: vbam-gtk
EDIT: Agora, os pacotes PlayDeb estão disponíveis de 9.10 a 13.04 (os pacotes ainda não foram atualizados para 13.10). Como sempre, se você usar 13.10, na maioria dos casos, você pode usar pacotes 13.04 (ou qualquer outra versão) sem experimentar nenhum problema (se houver, será por causa de dependências, o que é muito improvável), assim como o repositório 13.04.