Eu tinha meus arquivos de origem na minha área de trabalho e estava sincronizando manualmente com var / www, para que eu não precisasse fazer o sudo dos arquivos individualmente. Eu estava conseguindo isso sincronizando toda a pasta da área de trabalho sempre que eu senti que a sincronização é necessária. Eu usei o bit '--delete' no meu comando rsync, para que quaisquer arquivos extras no destino que possam ter sido excluídos da minha fonte Desktop sejam removidos.
Aqui está o problema: eu tenho um /upload/dir
na minha área de trabalho, mas nada é realmente enviado, pois é feito no documento raiz, que é /var/www/
. Então, sempre que eu sincronizar arquivos, meu Desktop /upload/dir
(que está vazio e sempre será) substitui o /upload/dir
na raiz do documento. Daí o conteúdo desapareceu.
Moral (para mim e para novos usuários do linux): nunca copie cegamente os comandos no terminal, sem ter um conhecimento básico.