Não, você não deveria. Essas variáveis são configuradas apenas no caso de você instalar o Tomcat manualmente, usar pacotes deb é uma etapa desnecessária, uma vez que elas já estão configuradas pelo script init. O motivo pelo qual você não encontra as variáveis configuradas em seu shell bash é porque elas são gerenciadas internamente pelo usuário que executa o tomcat. A única razão para definir essas variáveis é dizer onde os arquivos do tomcat estão enquanto você instala o tomcat manualmente.