Ao executar o comando rm -R /* , você disse a ele para excluir todos recursivamente, iniciando em / . Isso provavelmente é muito mais do que apenas /bin .
Seu servidor agora está em um estado altamente instável e precisa ser restaurado a partir do backup.
Apenas no caso de você não ter backups, e seu sistema estiver em uma partição ext3 ou ext4, e você ainda puder executá-lo (o que não é muito provável que eu tenha medo), você pode tentar recuperar arquivos usando extundelete mas você pode não conseguir recuperar todos os arquivos, pelo menos não para ter um sistema confiável e estável de volta.