Como os dois devem, teoricamente, ser propriedade da raiz, para começar, deve ser tão simples quanto:
sudo mv /etc/init/network-manager.conf-disabled /etc/init/network-manager.conf
sudo mv /etc/xdg/autostart/nm-applet.desktop.disabled /etc/xdg/autostart/nm-applet.desktop
Se eles tiverem permissões inesperadas, você terá que reverter isso também e aceitar as sobregravações.