Parece que você está usando uma versão muito antiga do PDF Chain. Versões mais recentes não têm essa limitação. Existe um PPA com a versão atual do pdfchain e a versão de ajuste do pdftk:
- launchpad.net/~pdfchain-team/+archive/ppa
Parece que você deseja remover páginas únicas de um documento. Não use explosão e gato para isso. Use apenas gato! Por exemplo, selecione a página "1-3 5-end" para remover a página 4. Leia a documentação do pdftk e do pdfchain sobre:
Saudações.