Não consegui obter a variante da linha de comando exata em funcionamento, mas consegui procurar
http://ubuntu.mirror.atratoip.net/ubuntu/pool/main/a/apt/
Onde localizei a última versão do apt-transport-https, no meu caso o
apt-transport-https_0.9.7.7ubuntu6_i386.deb
Eu então fiz o download, cliquei duas vezes no arquivo deb e o instalei. Agora tudo parece funcionar corretamente novamente.