De acordo com a fonte ( 1 ) você precisa alterar as pastas no "caminho de pesquisa" e no Linux Ubuntu eu fiz o seguinte ( testado em R2014a , R2014b , R2015a-prerelease ):
Este link mostra em imagens o que está descrito abaixo.
(Não tem representante suficiente para colocar tudo aqui ...)
1. Abra o Matlab e vá para "Definir caminho"
2. Remover
'~/Documents/MATLAB'
3. Clique no botão Add Folder... e selecione ou faça a pasta que você quer que seja pesquisada pelo Matlab
4. Salve o novo pathdef.m em algum lugar em que você tem privilégios para salvar as coisas, por isso escolhi ~/Documents para facilitar as coisas
5. Substitua o atual pathdef.m encontrado em /usr/local/MATLAB/R20xxx/toolbox/local/pathdef.m (xxx = sua versão, a minha foi R2014b)
6. Abra Terminal e digite:
sudo cp ~/Documents/pathdef.m /usr/local/MATLAB/R2014b/toolbox/local/pathdef.m
7. Abra Matlab e clique na engrenagem e vá para Geral ( Preferences > General ), em seguida, defina sua nova pasta como o local de início para cada vez que você abrir Matlab
8. Exclua o arquivo ~/Documents/pathdef.m porque você não precisa dele e irá confundi-lo mais tarde.