Uma melhoria na resposta da zetah. Isso funciona para passar vários arquivos para o programa. O% f é alterado para% F (maiúsculas) para passar todos os arquivos eliminados, substituindo o ^ (para o início da linha) com o nome do caminho o suficiente para torná-lo mais provável exclusivo, o 'g' no final do comando sed para fazer com que a substituição seja repetida para todos os arquivos passados e, finalmente, o $ em vez de / para que os caracteres de escape não sejam necessários.
Exec=sh -c "echo %F | sed 's$/home$z:/home$g' | xargs wine /home/owner/.wine/dosdevices/c:/Progs/Boxer/b.exe"
Eu também movi o programa para ser executado em um caminho onde o nome do caminho não possui espaços, então mudei meu editor de boxer de:
/home/owner/.wine/dosdevices/c:/Program Files/Boxer Text Editor/
para:
/home/owner/.wine/dosdevices/c:/Progs/Boxer/