yEd usa o tema metálico do Java por padrão. O que você quer é o tema GTKLookandFeel do Java. Normalmente você seria capaz de fazer isso iniciando yEd com:
java -Dswing.defaultlaf=com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel -jar yed.jar
Devido a um bug no yEd / Java, isso não funciona atualmente. Por agora você terá que aplicar o seguinte solução alternativa:
1.) Navegue até a pasta de instalação do yEd
cd $HOME/.yed
2.) Edite yed.jar e exclua a classe que está causando os problemas do tema
mv yed.jar yed.zip
zip -d yed com/jgoodies/looks/plastic/Plastic3DLookAndFeel.class
mv yed.zip yed.jar
Agora você pode iniciar o yEd no modo GTK.
Com algumas versões do Java, você pode se deparar com um cenário em que todas as fontes no tema do GTK são formatadas em negrito. Você pode solucionar isso desinstalando um pacote de fontes coreano:
sudo apt-get remove --purge fonts-unfonts-core
Se você não quiser remover pacotes apenas para solucionar problemas do Oracle, você pode experimentar o solução descrita neste comentário .
Referências: