Encontre a solução sozinho:
Foi um problema de estilo (tema). Verificado novamente usando o tema padrão e isso se comporta como esperado. Então eu inspecionei cuidadosamente os outros temas e descobri que nem todos esses temas tinham esse problema.
A solução foi editar o código do tema (twilight.xml) para inserir as seguintes linhas:
<style name="selection" background="orange" />
<style name="selection-unfocused" foreground="white" background="gray" />
A propósito, a localização dos temas no gEdit 3 difere do gEdit 2. Aqui está:
~/.local/share/gtksourceview-3.0/styles/
Você mesmo pode criar o diretório, se ele não existir. Mais informações sobre caminhos de estilo aqui: link