Não encontrei uma maneira de definir um monitor específico (à esquerda vs. à direita), mas você pode fazer com que a notificação apareça em qualquer tela que tenha o foco (seguindo o mouse).
Você pode usar o editor dconf e ir para apps > notify-osd e alterar multihead-mode para focus-follow
ou do terminal:
gsettings set com.canonical.notify-osd multihead-mode focus-follow
Você pode testar isso com notify-send test