A alteração do seu sistema de desktop não impede que o seu computador receba atualizações.
Você não pode mais ver notificações sobre atualizações, pois elas são direcionadas para exibição no sistema desktop padrão. Você também pode achar mais difícil executar programas gráficos para executar atualizações, já que elas são construídas para o Gnome.
Você sempre pode usar a linha de comando para fazer atualizações:
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade