Assumindo que o diretório atual contém todos os arquivos que você deseja renomear:
rename 's/^A(\d\d)(\d\d)/A$2$1/' *
Cuidado: esse algoritmo não pode trocar nomes de arquivos, portanto, se você tiver arquivos A1122333
e A2211333
, depois o segundo desaparecerá e o primeiro ainda será chamado A1122333
(tendo sido renomeado duas vezes).
O script a seguir corrige esse problema:
rename 's/^A(\d\d)(\d\d)/tmp-A$2$1/' *
rename 's/^tmp-//' *