Você pode atualizar para o Juno para corrigir os problemas que você enfrenta.
Para fazer isso, você precisa remover o eclipse 3.7 do seu computador. Você também pode renomeá-lo, mas é preciso estar bem organizado para manter o controle, se assim for.
Depois de ter feito isso, você pode seguir as instruções completas de instalação para o Juno postado neste blog .
Eu mesmo escrevi isso e sempre volto a ele quando eu reinstalo meu sistema operacional (o que é bastante frequente), então sei que ele funciona bem e é bastante direto, embora eu deva ressaltar que isso é para o eclipse 4.2 e lubuntu 12.10 ou 12.04 (embora você precise ajustar o ícone se estiver executando 12.10).
Eu tenho 1,7 e 1,6 na minha configuração. Eu escolho o caminho que quero ao abrir um projeto.
Antes de tentar instalar o juno, esteja ciente de que se o seu projeto foi definido como 1.6 e você tentou usar o 1.7 sem reconfigurar o caminho de construção ou exportá-lo para um novo projeto definido como 1.7, isso também pode ser a origem do problema e você pode continuar usando o 3.7 depois de tudo. (Eu não tenho certeza porque o arquivo de log não me diz o que você fez para chegar a esse ponto) Também os outros cartazes podem estar corretos sobre compatibilidade, não tenho certeza, mas caso você não tente isso (explicou isso em outro lugar na pilha troca, mas pode ser útil para você também, então vou repeti-lo caso você ainda não tenha tentado:
Quando você abre um projeto, precisa definir o ambiente (que agora mudou desde que você provavelmente desinstalou o 1.6.
Se o ambiente já estava definido como 1.6 anteriormente e você quer que ele seja definido como 1.7 em um projeto, você precisará fazer um novo projeto com o ambiente de execução como 1.7 e importá-lo.
De qualquer forma, se você quer atualizar para juno as instruções linkadas devem funcionar bem no ubuntu, assim como no lubuntu, mas se você tiver problemas, é só pedir.