Esses ícones de aplicativo (junto com informações gerais sobre aplicativos) são armazenados em arquivos .desktop neste diretório:
~/.local/share/applications
Tudo o que você precisa fazer é ir para o diretório e remover o (s) arquivo (s) * .desktop manualmente. por exemplo:
cd ~/.local/share/applications
rm program1.desktop program2.desktop program3.desktop
e assim por diante.