sim ...
Sim - tudo que você fez dentro da instalação do ubuntu-wubi será removido e perdido quando você desinstalar.
Uma pequena explicação ajudará.
Uma instalação do wubi é em termos leigos um arquivo (s) bastante grande (s) reservado (s) dentro da instalação do Windows 7 do NTFS. Quando você desinstala o wubi através do recurso Adicionar / Remover Programa do Windows, você está efetivamente removendo este (s) arquivo (s).
Nada no próprio Windows será removido ou perdido - apenas as alterações do Ubuntu.
O melhor conselho é fazer backup de todos os arquivos importantes para mídia externa, como CD / DVD ou USB. Certifique-se de usar um formato de mídia, como o NTFS, para permitir que o Windows o veja.