Claro, resolvi o problema logo após postar a pergunta: / O RapidMiner exibe uma janela de diálogo que o usuário precisa confirmar antes de continuar. No entanto, a janela de diálogo é mostrada em outra área de trabalho: /
A solução é verificar outras áreas de trabalho porque pode haver uma caixa de diálogo, como na captura de tela a seguir: