Com base na sua pergunta, você fez o download de um reinstalador. Se este era o Wubi, o problema seria usar o arquivo .exe, e o Ubuntu não pode abri-lo sem os patches do Wine. Agora, um curso de ação recomendado seria gravar um live CD ou USB com base no fato de você ter ou não uma unidade de disco. Se você tem uma unidade de disco, você deve gravar um CD ao vivo. Você deve ter acesso a um aplicativo de gravação de disco e, se não o fizer, eles estarão disponíveis no Ubuntu Software Center. Depois de gravar o disco, você precisa reinicializar o computador. Durante a inicialização, segure a tecla que permite acessar as configurações da BIOS. Se você estiver usando um Mac, se me lembro corretamente, mantenha pressionada a tecla "c" e, se não, tente "Cmd + C". Teclas do BIOS variam de computador para computador, no entanto "f2" e "f12" eu encontrei bastante comum. Basta encontrar a seção do dispositivo de inicialização dentro do BIOS e alternar do disco rígido principal para a unidade de CD. Agora salve as alterações e saia. Você deve vir agora para uma instalação ao vivo do Ubuntu 12.04 LTS. Basta clicar em instalar e deve haver uma opção para apagar a unidade atual e instalar o Ubuntu sobre ela. Com um Mac, segurando "C" ou "cmd + c" você deve inicializar diretamente no yaboot (semelhante ao gerenciador de boot do GRUB), simplesmente pressione enter e você entrará na instalação ao vivo. Novamente, há a opção de apagar tudo. A reinstalação deve limpar o disco.
Espero que isso tenha sido de ajuda!