Eu tive o mesmo problema ao conectar meu mouse Cyborg RAT 7. Para corrigir isso (pelo menos para o meu mouse, talvez o seu também), adicione isso ao /etc/X11/xorg.conf (crie o arquivo se não estiver lá):
Section "InputClass"
Identifier "Mouse Remap"
MatchProduct "Saitek Cyborg R.A.T.7 Mouse"
MatchDevicePath "/dev/input/event*"
Option "ButtonMapping" "1 2 3 4 5 6 7 2 9 10 11 12 0 0 0"
EndSection
Efetue logout e login novamente e seu mouse deverá funcionar bem. Altere a linha MatchProduct e ButtonMapping (se necessário) para combinar com o mouse.