É estranho pensar que o MBR do Windows apareceu antes do GRUB quando você usou a instalação do WUBI. De qualquer forma você poderia tentar segurar a tecla Shift para ver se o GRUB mostra e então selecionar o Windows.
Uma vez no Ubuntu, você pode alterar a linha GRUB_TIMEOUT=X
neste arquivo /etc/default/grub
. Para isso, digite o seguinte em um terminal:
gksu gedit /etc/default/grub
sudo update-grub
Note que o X representa o valor em segundos.
Espero que isso ajude.