Isso acontece comigo às vezes também.
No meu caso, apenas fecho ou saio do aplicativo wine pressionando Alt+F4 . Se isso não fechar o vinho, tente pressionar CTRL+ALT+F1 para alternar para o modo de console e matar o vinho de lá.
Estou executando o Precise Pangolin com o GNOME 3.4. Sempre que executo um aplicativo WINE, há uma chance de que o aplicativo mostre uma tela preta e uma chance de que ele seja executado corretamente. Eu não encontrei uma maneira de sair da tela preta, além de reiniciar o sistema inteiro. O Ubuntu parece ainda estar funcionando corretamente em segundo plano, mas não consigo acessar o terminal ou qualquer outra coisa. Se o rhythmbox estiver aberto, a música continua tocando. Eu não tive esse problema com os mesmos aplicativos WINE no OpenSUSE 12 ou Oneiric Ocelot, mas na época eu estava rodando o GNOME 3.2. Os aplicativos funcionam sem problemas no Windows 7. É realmente irritante reiniciar o sistema toda vez que o WINE exibe uma tela preta, então estou pensando, existe uma solução para isso?
Isso acontece comigo às vezes também.
No meu caso, apenas fecho ou saio do aplicativo wine pressionando Alt+F4 . Se isso não fechar o vinho, tente pressionar CTRL+ALT+F1 para alternar para o modo de console e matar o vinho de lá.