O -1~ppa1 informa ao sistema que isso não é -1 , mas sim uma versão que será substituída por -1 . Isso, portanto, não é um problema com "verificação de versão", nem é um erro, é por design. O símbolo especial ~ na versão significa "Esta versão não substitui a versão -1 do mesmo pacote e pode ser substituída pela versão -1 do pacote ou por uma versão posterior posterior que é empacotada."
Para fazer isso, com o PPA, a versão que você vê nesse número precisaria ser 1.6.0-1 (dentro do PPA) para que o sistema o reconheça como 1.6.0-1 .
É por isso que pacotes como os do PHP 5 são substituídos quando uma versão estável é lançada ( php 5.4.0-1~rc3 vs. php 5.4.0-1 , onde o rc3 é um candidato a lançamento e o não-rc3 é estável)