Não se preocupe, eu resolvi meu próprio problema. O caminho dos arquivos conflitantes indica "menu", onde eu suponho que os comandos ou atalhos são colocados na barra de menus. Eu então percebi que o próprio aplicativo pode estar causando problemas, então eu apenas removi o aplicativo "Introduce PPA" do centro de software (que só mostra quando você clica em "Mostrar * itens").
Funciona lindamente agora!