Manipular arquivos de instalação é uma má ideia na maioria dos casos como este. Como você já notou, isso quebrou a soma de verificação (mantida para garantir que ninguém a violasse e possivelmente introduzisse códigos maliciosos). Uma idéia muito melhor é resolver esses problemas externamente, seja ajustando variáveis de caminho (o que não funcionaria nesse caso), ou usando links simbólicos .
No seu caso, a solução é tão fácil quanto
ln -s /lib/i386-linux-gnu/libc.so.6 /lib/libc.so.6
Então, ao procurar por /lib/libc.so.6
, o binário encontra o symlink e "é redirecionado" para /lib/i386-linux-gnu/libc.so.6
(para colocá-lo em palavras fáceis - como funciona exatamente, você pode ler na página da Wikipédia vinculada; mas para sua compreensão é suficiente para pensar nisso como um tipo especial de "bookmark" - por isso, mesmo se o arquivo em si for substituído, o link simbólico permanece válido, apontando para o arquivo atualizado então).