Na verdade, o Nautilus se comporta da mesma forma (assim como o terminal bash). Você pode excluir um arquivo somente leitura, porque são as permissões do diretório que controlam essa operação. Em teoria, não é possível gravar em um arquivo somente para leitura, embora muitos editores apaguem o original (ou façam um backup) e, em seguida, gravem em um novo arquivo, portanto, é possível gravar no arquivo somente leitura.
Se você fizesse as permissões para um diretório rx, não seria possível excluir nenhum arquivo (mas ainda assim seria possível gravar nos arquivos, supondo que eles são não somente leitura) .