Existem vários problemas possíveis que você pode estar enfrentando, a partir das informações em sua pergunta e nos comentários.
A resposta da Web-E explica como instalar o Ubuntu ao lado do Windows. Eu recomendo fazer isso - parece ser o que você pretendia fazer primeiro.
Solução de problemas do Wubi
Se você quiser instalar o Ubuntu dentro do Windows com o Wubi e estiver usando o Windows Vista ou posterior, o erro permission denied poderá ser corrigido clicando com o botão direito em Wubi.exe e clicando em Executar como Administrador . A execução de Wubi.exe com habilidades normais quando o UAC está ativado falhar.
Se isso não funcionar, você deve consultar o arquivo de log ao qual a mensagem de erro se refere, para ver o que está errado. Deveria ter sido criado na mesma pasta que contém Wubi.exe em si. Se você puder entender o que o arquivo de log informa, talvez consiga resolver o problema. Caso contrário, você deve editar sua pergunta para incluir o texto do arquivo de registro ou publicá-lo no link e adicionar um link a ele em sua pergunta . (Você pode então comentar aqui para me avisar.)
Com tudo isso dito, lembre-se, a menos que você deseje um sistema Wubi, eu recomendo que você instale um sistema Ubuntu normal ao lado do Windows criando e inicializando a partir de uma unidade flash USB (ou CD / DVD) explicar na resposta da Web-E.
Incapacidade de inicializar o Ubuntu após a instalação ao lado do Windows
Web-E e eu pensamos que você queria dizer que quando criou a unidade flash USB inicializável para instalar o Ubuntu ao lado do Windows, não foi possível inicializar a partir dele e iniciar a instalação.
No entanto, se o problema é que você pode instalar o Ubuntu, mas quando você tenta inicializá-lo, ele apenas inicializa no Windows, isso é causado pelo carregador de inicialização do Ubuntu, GRUB2, não sendo instalado no registro mestre de inicialização. Para resolver o problema:
Ou, se preferir, você pode usar qualquer um desses métodos: