O Shotwell 0.9.x usa o Totem para miniaturas de vídeo, mas foi descartado a partir do Shotwell 0.10 em favor do shotwell-video-thumbnailer. É provável que a atualização para uma versão mais recente resolva seu problema.
Quanto ao ffmpegthumbnailer, você teria que editar o código do Shotwell para adicionar suporte a ele. O lugar para procurar seria no VideoSupport.vala no método thumbnailer (). Dito isso, a detecção duplicada depende de miniaturas de vídeo - algo a ser lembrado se você tiver um banco de dados Shotwell existente.