O kamil tem razão - você não pode desligar se houver outros usuários (até convidado) logados. Para forçar um desligamento mesmo se houver outros usuários logados, emita o comando
sudo shutdown -h now
Isso perderá todos os dados se houver um aplicativo aberto que tenha dados que não sejam salvos. Eu não testei isso com VMs em execução, mas acredito que ainda funcionará.