user-dirs.dirs não funciona assim. ~/Documents é apenas um diretório no sistema de arquivos. A coisa que muda são os ícones do Nautilus, favoritos etc. Então, quando você vai para o Nautilus e clica no diretório Documentos (não sei como será chamado, há muito tempo atrás eu usei nomes de diretório traduzidos) você deve chegar onde você quer.
Parece-me que você realmente quer algo diferente. Por exemplo, ao usar ~/Documents , o que você poderia fazer é usar isso em user-dirs.dirs :
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/Documents"
E deixe o ponto ~/Documents a /media/E/Administrateur/Mes_documents/ :
rmdir ~/Documents
ln -s /media/E/Administrateur/Mes_documents/ ~/Documents
Estes são comandos que você pode inserir em um terminal (basta procurar por 'terminal' no painel).
O que isto faz é que cria um link simbólico chamado ~/Documents que aponta para /media/E/Administrateur/Mes_documents/ . Na verdade, aplicativos (como o Nautilus) acham que estão olhando para ~/Documents , mas na verdade estão olhando para um diretório diferente, em algum outro lugar do sistema de arquivos (ou em um sistema de arquivos diferente, que parece ser o caso aqui). Você pode usar isso também para o resto dos diretórios.
Acho que o diretório da área de trabalho é uma exceção. Pelo que entendi, a área de trabalho é apenas o Nautilus executando em tela cheia sem barras de ferramentas, etc. por trás de todas as outras janelas, mostrando o diretório especificado em user-dirs.dirs . Essa é a razão (eu acho) porque o desktop funciona. (Nota, ~ / Desktop provavelmente ainda estaria vazio).
Eu recomendo que você também coloque um diretório real de Imagens e Vídeos. Caso contrário, alguns aplicativos podem ficar confusos.
Mais sobre links simbólicos: link