É porque o Empathy usa o NetworkManager (NM) para determinar se você está conectado a uma rede, mas o próprio NM não consegue ver a conexão de rede estabelecida via wvdial. Emita o seguinte comando em um terminal para desabilitar a dependência do Empathy em NM para conexão de rede.
gsettings set org.gnome.Empathy use-conn false
Como alternativa, se você não precisar de NM ao usar o wvdial, poderá pará-lo com sudo stop network-manager antes de iniciar o Empathy. Outros aplicativos que dependem do NM para determinar a conexão de rede também devem funcionar adequadamente, por exemplo, o Ubuntu Software Center.
Para reverter as alterações, use sudo start network-manager para NM e gsettings set org.gnome.Empathy use-conn true para Empathy.