Estou usando o Eclipse Indigo 3.7.0 em dois PCs, um laptop de 5 anos (32 bits do Ubuntu 11.10) e um novo PC (64 bits do Ubuntu 11.10). As cores do menu de um item de menu selecionado podem ter sido mais visíveis em relação ao plano de fundo, mas os menus estão funcionando.
Você diz que baixou do site do Eclipse. Eu baixei o Eclipse Indigo da seguinte maneira no Terminal:
sudo apt-get instala o eclipse eclipse-cdt eclipse-JDT
(outro post neste fórum recomenda isto: sudo apt-get install eclipse eclipse-jdt eclipse-pde eclipse-plataforma eclipse-rcp)
Para um Ubuntu de 64 bits, você também pode precisar disto:
sudo apt-get instala ia32-libs-multiarch