Eu também tive esse problema. Acontece mais se você começar a empatia na inicialização com empathy -h
.
Eu resolvi adicionar killall empathy && empathy -h
na inicialização. Às vezes, mesmo assim, não funcionaria. Então, basta abrir o terminal e fazer killall empathy && empathy -h
novamente.
Update1
Eu fundei esse programa não aparecer quando você adicionou empatia aos aplicativos de inicialização. Você nem fica online quando é adicionado ao boot. Então, remova-o e comece a empatia manual após a inicialização.