As duas versões são simplesmente instaladores diferentes, e ambos instalarão a mesma versão do Ubuntu. O instalador alternativo deve ser usado se, por algum motivo, o normal não funcionar. O resultado final não será diferente. Eu recomendaria que você usasse o instalador regular sempre que possível, pois ele ofereceria uma experiência mais amigável, mas você sempre pode usar a versão alternativa, se necessário.