Prefixo é um diretório sob o qual o aplicativo compilado será instalado. Eu usaria algo como /opt/WebKitGtk para ter certeza de que não substituiria nada. Instalar em /usr definitivamente não é uma boa ideia.
Observe também que corrigi um erro de digitação no seu exemplo de comando - make deve ser um comando separado.
Boa sorte:)