Você pode ter a caixa de seleção "Abrir cada pasta em sua própria janela" selecionada na guia Comportamento das Preferências de gerenciamento de arquivos.
Select a folder From the top menu bar, select Edit/Preferences Behavior tab Uncheck "Open each folder in its own window"
Ajudaria a saber qual versão do Ubuntu você está usando; esta resposta é um palpite. Edite sua pergunta com a saída deste comando do terminal:
lsb_release -a