Eu sugeriria o rsync, se você quiser uma interface gráfica grsync
Eu aconselho usar o rsync / grsync sobre o ssh
Veja:
Oi eu estou procurando uma ferramenta para sincronizar arquivos do meu servidor web local para o servidor web remoto. Eu venho usando desde alguns anos o ( Publicador do site ) com vinho, mas estou procurando por um livre alternativa que se integra naturalmente com o Ubuntu (uma aplicação linux).
Eu gostaria que a ferramenta tivesse uma GUI como o Meld, que poderia ter uma lista de arquivos / diretórios para ignorar, que eu posso escolher quais arquivos ou diretórios você quer substituir no momento da sincronização, em poucas palavras algo como o Site Editora mencionar isso antes.