Eu recomendaria a atualização para 12.04 primeiro. As novas bibliotecas, drivers e kernel no 12.04 têm melhor suporte para o hardware mais novo. Você pode simplesmente mover o xorg.conf para fora do caminho e mantê-lo como um backup. Não deveria ser necessário. Mas é bom mantê-lo como um backup, no caso de você precisar conectar seus discos rígidos no hardware antigo e inicializar lá, porque você acha que não está funcionando bem no novo hardware.