Graças a Deus por essa idéia, eu tentei e funcionou. Parece que as configurações atuais deixadas pela versão anterior são de alguma forma incompatíveis com as anteriores ou algo corrompido. Então eu fiz este comando (cuidado com os diretórios, pois não há como desfazer)
cd ~/
rm -rfv .mysql/workbench/
Observe que isso não corrige o problema de interrupção do programa ao usar o menu Arquivos recentes. Portanto, não use arquivos recentes com esta solução alternativa