Você pode, mas a janela precisa ter uma classe / nome / título / id exclusivo ou algo do tipo que você possa consultar.
Inicie as configurações do Compiz:
% ccsm
Selecione o plug-in "Place Windows"
Certifique-se de que esteja ativado
Selecione a guia "Colocação de janela fixa"
Em seguida, clique em "Novo" em "Janelas com posições fixas".
Agora você precisa especificar quais janelas têm quais posições fixas. Clique no sinal "+" para abrir um diálogo de seleção de janela, isso permitirá que você especifique a janela por classe / título / etc .. Você pode escolher um dos tipos e pegar a janela para ver o que é valor é ver se é algo único que você pode usar para colocação. Você pode adicionar várias condições e, assim, acabar com combinações interessantes, como:
(class=myterminal) & title=one
Em seguida, especifique suas posições X e Y, salve-o e feche o gerenciador de configurações. A próxima vez que você colocar uma janela que se encaixa na definição que você especificou, ela deve colocá-la no local apropriado (você pode precisar 'compiz -replace', embora eu duvide).