Acho que, se começar a verificar o disco, é porque existem alguns problemas.
Você deve usar um sistema ativo e verificar os discos de lá com
sudo fsck -fv /dev/sdXY
onde XY é a letra e o número das partições que você verificaria.
Verifique todas as partições, e se você tiver algumas partições FAT / NTFS, inicialize com um sistema Microsoft e certifique-se de marcá-las de lá.