Ubuntu 13.04: (caso você tenha vindo pelo google)
Você não pode mais alterar o aplicativo terminal usado.
Detalhes :
nautilus-open-terminal
usa GAppInfo
para iniciar o processo do terminal, que usa uma lista codificada de emuladores de terminal: link
Solução:
- Remover o terminal do gnome:
sudo apt-get remove gnome-terminal
- Finalizador de link simbólico para o terminal gnome:
sudo ln -s /usr/bin/terminator /usr/bin/gnome-terminal