Para o Maverick, e assumindo o Gnome ...
sudo apt-get install screenlets
Faça o download do Folderview Screenlet e abra os Screenlets para instalá-lo.
Applications->Accessories->Screenlets
Após a instalação, clique duas vezes no screenlet "Folder View". Clique com o botão direito no screenlet e escolha Propriedades . Vá para Opções- > Pasta e selecione Desktop . Clique em Fechar .
Agora faça seus ícones do Gnome Desktop desaparecerem:
[ALT]+[F2]
gconf-editor
Run
Vá para apps- > nautilus- > preferences- > show_desktop, definindo o valor como false. Mova o seu screenlet "Folder View" para longe de Conky.
Você ainda pode acessar "lugares" e "dispositivos" no gerenciador de arquivos. Na verdade, você pode fazer tudo sem ícones da área de trabalho. Apenas executar o gconf-editor para desabilitar os ícones do Desktop pode funcionar para você também.