Você precisará encontrar e matar o processo que está bloqueando /var/cache/debconf/config.dat antes de fazer qualquer outra coisa.
Você pode usar
lsof /var/cache/debconf/config.dat
ou
fuser -v /var/cache/debconf/config.dat
para descobrir qual processo está bloqueando esse arquivo e kill
para matar esse processo.
Uma vez que você faz isso, você deve poder usar o apt-get para instalar o mysql-server, embora eu use o Synaptic para ver o status atual dos pacotes, no filtro se chama "Broken".