Isso não acontece. Eu também tenho o Emacs 23 instalado no Ubuntu 12.10 e instalei o Emacs 24 do Ubuntu Software Center . As duas versões de aplicativo são executadas lado a lado, independentemente uma da outra (embora elas compartilhem o arquivo .emacs entre outros caminhos padrão etc.).
Você teria que desinstalar o Emacs 23 separadamente se quisesse ter apenas uma versão instalada do Emacs.